Αποστολή της Ειδικής Γραμματείας Ορεινών Περιοχών είναι η χάραξη και υλοποίηση ολοκληρωμένης στρατηγικής για την αναζωογόνηση των ορεινών περιοχών της χώρας, με στόχο τη βιώσιμη ανάπτυξή τους, τη συγκράτηση και προσέλκυση πληθυσμού και την αξιοποίηση των τοπικών πόρων και δυνατοτήτων. Ως ορεινές περιοχές νοούνται οι περιοχές που περιλαμβάνονται στον «Πίνακα Ορεινών Δήμων και Κοινοτήτων» της Oδηγίας 81/645/ΕΟΚ του Συμβουλίου της 20ής Ιουλίου 1981 περί του κοινοτικού καταλόγου των μειονεκτικών γεωργικών περιοχών κατά την έννοια της οδηγίας 75/268/ΕΟΚ (Ελλάς) (L 238), όπως ισχύει μετά την τροποποίησή της με την Απόφαση 83/339/ΕΟΚ της Ευρωπαϊκής Επιτροπής (L 186), την Oδηγία 85/148/ΕΟΚ του Συμβουλίου (L 56), την Oδηγία 89/588/ΕΟΚ του Συμβουλίου (L 330), την Oδηγία 93/66/ΕΟΚ του Συμβουλίου (L 184) και την Απόφαση 94/516/ΕΚ της Ευρωπαϊκής Επιτροπής (L 207).