Το Μέγαρο Σταθάτου, είναι τετραώροφο οικοδόμημα, από τα πιο σημαντικά δείγματα νεοκλασικής αρχιτεκτονικής της Αθήνας, έργο του Σάξονα αρχιτέκτονα Ερνέστου Τσίλλερ, στον οποίο οφείλονται πολλά από τα κτίρια της μετεπαναστατικής Ελλάδας, στο τέλος του 19ου αιώνα.
Χτίστηκε το 1895 ως κατοικία – στέγαση των επιχειρήσεων του Αθηναϊκού ζεύγους, Ιθακήσιου στη καταγωγή, Όθωνος και Αθηνάς Σταθάτου, (που μέχρι τότε ήταν στο λιμάνι Σουλινά της Ρουμανίας), στη συμβολή των οδών Βασιλίσσης Σοφίας (τότε Κηφισίας) και Ηροδότου.
Το Μέγαρο Σταθάτου παρέμεινε ως οικία μέχρι το 1937 που πέθανε η Αθηνά Σταθάτου. Στη συνέχεια νοικιάσθηκε στη Βουλγαρική Πρεσβεία μέχρι τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο. Μετά την απελευθέρωση έγινε Αγγλική Στρατιωτική Λέσχη και αργότερα Λέσχη Αγγλίδων Νοσοκόμων. Αργότερα νοικιάστηκε στη Καναδική Πρεσβεία που παρέμεινε μέχρι το 1970 για να στεγάσει στη συνέχεια την Πρεσβεία της Λιβύης μέχρι το 1982. Το έτος αυτό αγοράσθηκε από την Κτηματική Εταιρία του Δημοσίου προκειμένου να μεταβληθεί σε επίσημο ξενώνα Βασιλέων και Αρχηγών Χωρών που επισκέπτονται τη Χώρα σε αντικάτάσταση πρότερης χρήσης του Μεγάρου Μαξίμου που είχε πλέον μεταβληθεί σε Γραφείο Πρωθυπουργού.
Μετά από πολλές προσπάθειες της σπουδαίας συλλέκτριας έργων τέχνης Αικατερίνης Γουλανδρή να αναδείξει το τεράστιο τότε εκθεσιακό πρόβλημα της Αθήνας, η τότε Υπουργός Πολιτισμού Μελίνα Μερκούρη με μια δυναμική της απόφαση ενέκρινε τον εκθεσιακό χαρακτήρα του Μεγάρου Σταθάτου και στις 20 Ιανουαρίου του 1986 εγκαινίασε η ίδια τη στέγαση σε αυτό του Μουσείου Κυκλαδικής Τέχνης που από το 1962, επί Βασιλέως Παύλου, είχε λάβει νομική υπόσταση και είχε επίσημα αναγνωριστεί.